本文目录一览：
黑客帝国贝恩干了什么
贝恩杀掉了很多的船员，还摧毁了飞船，他还杀掉了玛姬。
黑客帝国第二部32分45秒那里，贝恩在母体里面刚准备接 *** ，被史密斯抓到并复制（或者说感染）了，然后是被感染的贝恩回到了舰上。
黑客帝国3贝恩是那个被“特工史密斯”感染的人类。面对如潮的电子乌贼，人类城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死战。此时，“救世主”尼奥的身体和思想却意外分离，后者再度陷入到“母体”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体，回到“母体”和守护天使一起寻找他。
黑客帝国3
尼奥在眼睛瞎了以后是可以看到付在贝恩身上的史密斯的，而不是贝恩。
先知最终揭示了史密斯的真正的由来，是建筑师建立平衡机制的一个产物，是尼奥的负面。这也解释了史密斯越来越强大甚至超过母体控制的原因，正因为尼奥的发展不同于以往的The one。
尼奥与史密斯之间的关系是：
假设尼奥是X，史密斯是Y的话，则有
f(x)=y
即史密斯是一定算法得来的尼奥，也就说史密斯依赖于尼奥存在，没有尼奥，史密斯不能存在。所以尼奥才会想到牺牲自己，打败史密斯。所以史密斯才会说“这不公平！”。
最后可以看到与尼奥决斗的是感染史密斯的先知。（最后先知躺在坑里），先知洞悉这一切，走了一步险棋：把自己的力量给了史密斯反过来牵制母体，并希望尼奥能看透。因为超过了常规，先知也不能知道结果。
为什么黑客帝国3中，不管是好人主角的妻子还是坏人贝恩都复活了呢
主角NEO的女友崔妮蒂是在对抗电脑人的时候从楼顶下落时被子弹击中了心脏，但是主角飞行下去把她救回，并用手伸入了她的心脏，把子弹取出来了。那一段两个人都是绿绿的代码外形，特效表现的。
坏人贝恩是在飞船中借用了另一个人的身体，载入了原本的思想而成为了一个具有新面孔的老坏人而已了。