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《黑客帝国》系列故事梗概
托马斯·安德森表面上是个朝九晚五的电脑工程师，私下却是个高超的黑客-电脑黑客尼奥（Neo），他一直过着平常的生活，直到和神秘人物莫菲斯（Morpheus）、崔妮蒂（Trinity）等联系，一切都变得不同。莫菲斯等人把他带到真实的世界，令尼奥明白到他所认识的世界是电脑程序所创造的虚拟世界。它是机械世界的矩阵（matrix）为培养人类作为能量来源所创造的，程序模拟1999年的人类世界（现实世界其实已踏入2199年），矩阵透过内建的各种程序，借由和人体大脑神经联结的连接器，使视觉、听觉、嗅觉、味觉、触觉、心理（六根）等讯号传递到人类大脑时都仿佛是真实的，甚至在“死亡”时真身也会因为逼真的感受而死。创造这个趋近真实的梦境世界，目的在欺骗被机器囚禁的人类，令他们以为自己是真正的“活着”并能繁衍下去，而死后的人体则被拿来提取能源以继续供应矩阵。莫菲斯等人是较早被解放而得以脱离矩阵的一群。他信奉在矩阵中可预知未来的先知（Oracle），先知曾指莫菲斯将在有生之年找到救世主，而前代救世主死前，她也曾经预言他会再次来到人间拯救所有被机器所囚的人类。莫菲斯于是拼命寻找救世主。当联络到尼奥后，他预感尼奥就是转世的救世主（尼奥其实是第六代救世主）。但尼奥却对此身份有所怀疑。
来到真实世界后，尼奥通过与莫菲斯的电脑程序训练，发现只要有信念，能坚定的相信在电脑程序中的一切都不是真的，进入到矩阵中即可将各种模拟真实世界的物理现象如万有引力、摩擦力等扭曲、甚至破坏。在矩阵中可做出各种违背物理定律的事，例如：一拳把人打飞至十多米远、跳跃至半空停留七、八秒才落地等。
尼奥经过一番训练后，和莫菲斯等人再次透过连接器进入矩阵拜访先知，他们返回真实世界的途中，矩阵派出多个以史密斯（Agent Smith）为首的特工程序追杀。特工程序虽有人类的外表却不是真正人类，而是极善于扭曲矩阵中的物理现象、专门用来追捕目标的程序，并非人类所能匹敌的。而矩阵虽然是虚拟世界，但除非你已能纯熟界定自己是处于虚拟之中而不被其所惑，否则在当中被杀的人类于真实世界中亦难逃一死。莫菲斯知道尼奥还不相信这一切是虚拟的，为了保护尼奥而落入了特工程序之手。
尼奥等人发现原来他们一行人中的塞弗（Cypher）出卖了他们的情报予特工程序，导致莫菲斯被捕。塞弗回到真实世界后，将仍在矩阵的队友逐一杀死，但在准备杀死尼奥时，被另一队友坦克（Tank）所杀。坦克之后成功唤回尼奥和崔妮蒂，但莫菲斯却因无法唤回而持续和矩阵连线中。
为了唤回莫菲斯，尼奥等人商议后，决定和崔妮蒂再次连线进入矩阵。经过激烈的搏斗之后，他们终于成功救出莫菲斯。虽然莫菲斯和崔妮蒂成功回到真实世界，尼奥却在矩阵中被特工程序击毙呈现弥留状态，此时真实世界中的崔妮蒂紧依著尼奥和他对话并深深的吻了他，感受到真实世界的深情之后尼奥仿佛顿悟一般地复活了！复活后的尼奥对自己“救世主”的身份已无丝毫怀疑，明白到自己可以重写矩阵内程序的能力。他马上入侵了其中一个特工程序——史密斯，令史密斯烟消云散，消失得无影无踪。其他的特工程序吓得落荒而逃。
之后的故事在黑客帝国2：重装上阵中继续发展。
《黑客帝国》中为何会出现机器靠养育人类发电这样的梗呢？
这事儿其实很简单，是两个乱说，一个低级解释，一个高级解释。导演姐弟俩糅合了太多哲学，宗教和科技隐喻到这部电影里，一般来说，普通的好莱坞导演根本没这个把握能力。导演姐弟俩也不知道怎么安排未来 AI 给人类留什么位置。你也可以把所有人类被 AI 手下留情，还供养起来想100个理由，逐个理性判断来否定。最后，将一个理由都不剩。导演姐弟只好编了一个根本不合理的理由。这是之一个乱说。
墨菲斯乱说。墨菲斯作为Neo的启蒙者身份，要表现出全知全能和说服力，对于导演姐弟都无法给出的答案，他为了让Neo信服，只好乱说，电影中也说明了，至今是否1999年都未知，人类灭绝了几次，都是建筑师说的，人类幸存者们根本对自己的历史无知 -- 这就是未来真实的 AI 世纪 -- 人类历史的真正终结。
一个低级解释。为了给这两个乱说找个回头的解释，黑客3（或2？不重要了，毕竟2，3一起拍的）里，老议员说了一段话，大致讲，那个净水设备他都不知道工作原理，但他只要知道它存在的目的就行了。但其实？ 从上面可知，人类Zion存在的目的到底是什么？依然没有答案。整个黑客帝国三部曲，由Neo角度来看，只有最后通过Neo大战Smith，救了机器人们一把，没看出人类对 AI 有毛线用 ……而 Smith 还是半个Neo 复制出来的 …… 这活脱脱就像一个巨大的阴谋！！！
一个高级解释。建筑师在片尾讲述，他终于（暂时）找到了等式的解，引入了数学的平衡，也即系统达成了一次完美的升级、重启。Zion人类和Neo的作用也就在此，得到了一个不知所以然的最终解释。你以为只是一只电池的问题？人类未来连电池都不能比 ……这是我给出的电影没明说的，第五个解释，即，对人类 *** 裸的蔑视。
《黑客帝国》里为什么会出现机器靠养育人类发电这样的梗呢？
靠人类发电这个逻辑很明显是讲不通的，因为人类要存活就要消耗能源，机器又不需要进食有机物，就算搞个什么核融合的梗，也无法解决“机器可以直接使用原料进行核融合，根本无须培育人类”这个矛盾。那么应该怎么解释呢？造物主在黑客帝国第二部结尾跟尼奥说，如果他不选择回到代码之源，电脑就会死机，杀死所有人类。而机器可以承担得了这种代价。如果人类是能源，那机器怎么承担得了呢？所以能源说也讲不通。
问题的关键是：所谓人类电池理论，从头到尾都是人类自己的想法，机器可从来没有说过它们培养人类是为了做电池！你们想想，莫斐斯告诉尼奥人类是来做电池的，那这个观念是谁灌输给莫斐斯的？很显然是解救他的人。那么往上一代代追溯，很容易推断，所谓人类做电池这个梗，是救世主重建ZION时机器告诉人类的。事实就很清楚：是机器要让人类认为自己是做电池的，而ZION也是在机器默许下存在的、容纳与母体不相容的人的平台。
怎么让母体中的人能够接受ZION？电池理论就是个很好的忽悠手法。机器通过救世主告诉ZION那些做种的人，机器把人类当电池，奴役人类……在这套逻辑下，从母体出来的人，很容易就能接受ZION，ZION也就能够稳定，并且一直具备把人类从母体里“解放”出来的能力。归根结底，机器在这点上忽悠了人类，而已。机器的真实目的并非如此。
那机器真实目的是什么？很简单：进化。刚刚赢得战争的机器社会是理性社会，它的混沌性太少了，所以自我进化受阻。所以机器想通过研究人类大脑的工作方式，推动自身逻辑的进步。所以机器造了母体去容纳人类的意识，不断地调试母体的性能以尽可能地和人类大脑完美对接，同时达成自我升级和进化。母体的每一次升级，都是机器社会的一次进化。这才是机器圈养人类的根本目的。至于把人类身体拿来当能量，只是废物利用，更有效率地处理死去的人类尸体，不浪费罢了。
